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This research was supported by the National Programme for Fostering Excellence in Scientific and Technical Research (Grant No. PGC2018-098073-A-I00 MCIU/AEI/FEDER, UE, to J.H.C.) and the Severo Ochoa Centres of Excellence Programme (Grant No. SEV-2016-0672 (2017-2021) to C.P.C.) from the State Research Agency (AEI) of Spain, as well as a Research Technical Support Staff Aid (PTA2019-017593-I/AEI/10.13039/501100011033 to A.H.P.); European Research Council grant MicroBioS (ERC-2014-AdG)-GA669830 (to P.B.). Cloud computing is supported by BMBF (de.NBI network #031A537B).

Análisis de autorías institucional

Cantalapiedra, CpAutor o CoautorHernandez-Plaza, AAutor o CoautorHuerta-Cepas, JAutor (correspondencia)

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24 de enero de 2022
Publicaciones
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Artículo

eggNOG-mapper v2: Functional Annotation, Orthology Assignments, and Domain Prediction at the Metagenomic Scale

Publicado en:Molecular Biology And Evolution. 38 (12): 5825-5829 - 2021-12-01 38(12), DOI: 10.1093/molbev/msab293

Autores: Cantalapiedra, Carlos P.; Hernandez-Plaza, Ana; Letunic, Ivica; Bork, Peer; Huerta-Cepas, Jaime;

Afiliaciones

Biobyte Solut GmbH, Heidelberg, Germany - Autor o Coautor
European Mol Biol Lab, Struct & Computat Biol Unit, Heidelberg, Germany - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, Campus Montegancedo UPM, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Wurzburg, Bioctr, Dept Bioinformat, Wurzburg, Germany - Autor o Coautor
Yonsei Univ, Yonsei Frontier Lab YFL, Seoul, South Korea - Autor o Coautor
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Resumen

Even though automated functional annotation of genes represents a fundamental step in most genomic and metagenomic workflows, it remains challenging at large scales. Here, we describe a major upgrade to eggNOG-mapper, a tool for functional annotation based on precomputed orthology assignments, now optimized for vast (meta)genomic data sets. Improvements in version 2 include a full update of both the genomes and functional databases to those from eggNOG v5, as well as several efficiency enhancements and new features. Most notably, eggNOG-mapper v2 now allows for: 1) de novo gene prediction from raw contigs, 2) built-in pairwise orthology prediction, 3) fast protein domain discovery, and 4) automated GFF decoration. eggNOG-mapper v2 is available as a standalone tool or as an online service at http://eggnogmapper.embl.de.

Palabras clave

BioinformaticsComputational genomicsDatabaseDatabases, geneticFunctional annotationGenomicsMetagenomeMetagenomicsMolecular sequence annotationPhylogenySoftware

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Molecular Biology And Evolution debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 15/175, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Esta publicación ha sido distinguida como “Highly Cited Paper” según las agencias WoS (ESI, Clarivate) y ESI (Clarivate), lo que significa que se sitúa dentro del 1% superior de los artículos más citados en su campo temático durante el año de su publicación. En términos del impacto observado de la aportación, este trabajo es considerado como uno de los más influyentes a nivel mundial, al ser considerado como altamente citado. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Y así lo demuestran los altísimos impactos normalizados a través de algunos de los principales indicadores de este tipo, y que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, ya apuntan a estar muy por encima de la media en diferentes agencias:

  • Normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada (ESI) de la agencia Clarivate: 78.82 (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)
  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 191.44 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 643.57 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-16, el siguiente número de citas:

  • WoS: 1522
  • Scopus: 2125

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-16:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 1478.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 1571 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 71.65.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 56 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 2 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany; Republic of Korea.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (PEREZ CANTALAPIEDRA, CARLOS) y Último Autor (HUERTA CEPAS, JAIME).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido HUERTA CEPAS, JAIME.