{rfName}
Re

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

21

Altmetrics

Grant support

Work in CNM is supported by grant SAF 2007-61036 and 2010-17226 from MINECO Spain, by grants 36558/06, 36641/07, 36779/08, 360766/09 from FIPSE Spain, and in part by the RETIC de Investigacion en SIDA (Red de grupos 173) of the Fondo de Investigaciones Sanitarias (FISss). Work in UCM is supported by grants BFU 2009-12895-C02-02 MICINN and BFU2012-39816-C02-02 from MINECO (Spain). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Anàlisi d'autories institucional

Delgado, SoledadAutor o coautor
Compartir
Publicacions
>
Article

Realistic Three Dimensional Fitness Landscapes Generated by Self Organizing Maps for the Analysis of Experimental HIV-1 Evolution

Publicat a:Plos One. 9 (2): e88579- - 2014-02-28 9(2), DOI: 10.1371/journal.pone.0088579

Autors: Lorenzo-Redondo, Ramon; Delgado, Soledad; Moran, Federico; Lopez-Galindez, Cecilio;

Afiliacions

Inst Salud Carlos III, Ctr Nacl Microbiol, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Complutense Madrid, Dept Bioquim & Biol Mol 1, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Univ Informat, Dept Org & Estruct Informac, Madrid, Spain - Autor o coautor

Resum

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) because of high mutation rates, large population sizes, and rapid replication, exhibits complex evolutionary strategies. For the analysis of evolutionary processes, the graphical representation of fitness landscapes provides a significant advantage. The experimental determination of viral fitness remains, in general, difficult and consequently most published fitness landscapes have been artificial, theoretical or estimated. Self-Organizing Maps (SOM) are a class of Artificial Neural Network (ANN) for the generation of topological ordered maps. Here, three-dimensional (3D) data driven fitness landscapes, derived from a collection of sequences from HIV-1 viruses after in vitro passages and labelled with the corresponding experimental fitness values, were created by SOM. These maps were used for the visualization and study of the evolutionary process of HIV-1 in vitro fitness recovery, by directly relating fitness values with viral sequences. In addition to the representation of the sequence space search carried out by the viruses, these landscapes could also be applied for the analysis of related variants like members of viral quasiespecies. SOM maps permit the visualization of the complex evolutionary pathways in HIV-1 fitness recovery. SOM fitness landscapes have an enormous potential for the study of evolution in related viruses of in vitro works or from in vivo clinical studies with human, animal or plant viral infections.

Paraules clau
AdaptationHiv infectionsHiv-1HumansImmunodeficiency-virus type-1In-vivo fitnessMutationNeural networks, computerOptimizationPhylogenyPopulation-dynamicsProteaseRecoveryRegionRna virus

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Plos One a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2014, es trobava a la posició 9/57, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 2.59, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions May 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-05-25, el següent nombre de cites:

  • WoS: 8
  • Scopus: 13
  • OpenCitations: 16
Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-05-25:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 44.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 44 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 0.25.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: United States of America.