{rfName}
Re

Indexado en

Licencia y uso

Citaciones

21

Altmetrics

Grant support

Work in CNM is supported by grant SAF 2007-61036 and 2010-17226 from MINECO Spain, by grants 36558/06, 36641/07, 36779/08, 360766/09 from FIPSE Spain, and in part by the RETIC de Investigacion en SIDA (Red de grupos 173) of the Fondo de Investigaciones Sanitarias (FISss). Work in UCM is supported by grants BFU 2009-12895-C02-02 MICINN and BFU2012-39816-C02-02 from MINECO (Spain). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Análisis de autorías institucional

Delgado, SoledadAutor o Coautor
Compartir
Publicaciones
>
Artículo

Realistic Three Dimensional Fitness Landscapes Generated by Self Organizing Maps for the Analysis of Experimental HIV-1 Evolution

Publicado en:Plos One. 9 (2): e88579- - 2014-02-28 9(2), DOI: 10.1371/journal.pone.0088579

Autores: Lorenzo-Redondo, Ramon; Delgado, Soledad; Moran, Federico; Lopez-Galindez, Cecilio;

Afiliaciones

Inst Salud Carlos III, Ctr Nacl Microbiol, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Complutense Madrid, Dept Bioquim & Biol Mol 1, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Univ Informat, Dept Org & Estruct Informac, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) because of high mutation rates, large population sizes, and rapid replication, exhibits complex evolutionary strategies. For the analysis of evolutionary processes, the graphical representation of fitness landscapes provides a significant advantage. The experimental determination of viral fitness remains, in general, difficult and consequently most published fitness landscapes have been artificial, theoretical or estimated. Self-Organizing Maps (SOM) are a class of Artificial Neural Network (ANN) for the generation of topological ordered maps. Here, three-dimensional (3D) data driven fitness landscapes, derived from a collection of sequences from HIV-1 viruses after in vitro passages and labelled with the corresponding experimental fitness values, were created by SOM. These maps were used for the visualization and study of the evolutionary process of HIV-1 in vitro fitness recovery, by directly relating fitness values with viral sequences. In addition to the representation of the sequence space search carried out by the viruses, these landscapes could also be applied for the analysis of related variants like members of viral quasiespecies. SOM maps permit the visualization of the complex evolutionary pathways in HIV-1 fitness recovery. SOM fitness landscapes have an enormous potential for the study of evolution in related viruses of in vitro works or from in vivo clinical studies with human, animal or plant viral infections.

Palabras clave
AdaptationHiv infectionsHiv-1HumansImmunodeficiency-virus type-1In-vivo fitnessMutationNeural networks, computerOptimizationPhylogenyPopulation-dynamicsProteaseRecoveryRegionRna virus

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plos One debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2014, se encontraba en la posición 9/57, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 2.59, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-25, el siguiente número de citas:

  • WoS: 8
  • Scopus: 13
  • OpenCitations: 16
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 44.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 44 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.25.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.