{rfName}
DD

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

112

Altmetrics

Grant support

We would like to thank N. Alvarez and A. Mastretta-Yanes for fruitful discussions and support. This work was supported in part by Spanish MINECO grant CGL2013-42589-P cofinanced by FEDER, and FPI studentship BES-2014-067868.

Anàlisi d'autories institucional

Lopez De Heredia, U.Autor o coautor

Compartir

9 dejuny de 2019
Publicacions
>
Article
No

DDRADSEQTOOLS: a software package for in silico simulation and testing of double-digest RADseq experiments

Publicat a:Molecular Ecology Resources. 17 (2): 230-246 - 2017-03-01 17(2), DOI: 10.1111/1755-0998.12550

Autors: Mora-Marquez, F; Garcia-Olivares, V; Emerson, B C; Lopez de Heredia, U

Afiliacions

IPNA CSIC, Isl Ecol & Evolut Res Grp, Tenerife, Canary Islands, Spain - Autor o coautor
Tech Univ Madrid UPM, Forest Genet & Physiol Res Grp, Ciudad Univ S-N, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ East Anglia, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TJ, Norfolk, England - Autor o coautor

Resum

Double-digested RADseq (ddRADseq) is a NGS methodology that generates reads from thousands of loci targeted by restriction enzyme cut sites, across multiple individuals. To be statistically sound and economically optimal, a ddRADseq experiment has a preliminary design stage that needs to consider issues related to the selection of enzymes, particular features of the genome of the focal species, possible modifications to the library construction protocol, coverage needed to minimize missing data, and the potential sources of error that may impact upon the coverage. We present DDRADSEQTOOLS, a software package to help ddRADseq experimental design by (i) the generation of in silico double-digested fragments; (ii) the construction of modified ddRADseq libraries using adapters with either one or two indexes and degenerate base regions (DBRs) to quantify PCR duplicates; and (iii) the initial steps of the bioinformatics preprocessing of reads. DDRADSEQTOOLS generates single-end (SE) or paired-end (PE) reads that may bear SNPs and/or indels. The effect of allele dropout and PCR duplicates on coverage is also simulated. The resulting output files can be submitted to pipelines of alignment and variant calling, to allow the fine-tuning of parameters. The software was validated with specific tests for the correct operability of the program. The correspondence between in silico settings and parameters from ddRADseq in vitro experiments was assessed to provide guidelines for the reliable performance of the software. DDRADSEQTOOLS is cost-efficient in terms of execution time, and can be run on computers with standard CPU and RAM configuration.

Paraules clau

allele dropoutcoveragedouble-digested radseqpcr duplicatesAllele dropoutComputational biologyCoverageDnaDna restriction enzymesDouble-digested radseqFormatGeneticsHigh-throughput nucleotide sequencingIn silico simulationLociMarkersPcr duplicatesPopulation genomicsSequenceSnp discoverySoftware

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Molecular Ecology Resources a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2017, es trobava a la posició 8/160, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Ecology. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials de Scopus Elsevier, proporciona un valor per a la mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 1.2, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 3.55 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-17, el següent nombre de cites:

  • WoS: 25
  • Scopus: 26
  • Europe PMC: 11
  • Google Scholar: 48

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-17:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 157.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 157 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 13.35.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 10 (Altmetric).

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: United Kingdom.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Mora-Marquez, F.) i Últim Autor (LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI).