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We would like to thank N. Alvarez and A. Mastretta-Yanes for fruitful discussions and support. This work was supported in part by Spanish MINECO grant CGL2013-42589-P cofinanced by FEDER, and FPI studentship BES-2014-067868.

Análisis de autorías institucional

Lopez De Heredia, U.Autor o Coautor

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9 de junio de 2019
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DDRADSEQTOOLS: a software package for in silico simulation and testing of double-digest RADseq experiments

Publicado en:Molecular Ecology Resources. 17 (2): 230-246 - 2017-03-01 17(2), DOI: 10.1111/1755-0998.12550

Autores: Mora-Marquez, F; Garcia-Olivares, V; Emerson, B C; Lopez de Heredia, U

Afiliaciones

IPNA CSIC, Isl Ecol & Evolut Res Grp, Tenerife, Canary Islands, Spain - Autor o Coautor
Tech Univ Madrid UPM, Forest Genet & Physiol Res Grp, Ciudad Univ S-N, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ East Anglia, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TJ, Norfolk, England - Autor o Coautor

Resumen

Double-digested RADseq (ddRADseq) is a NGS methodology that generates reads from thousands of loci targeted by restriction enzyme cut sites, across multiple individuals. To be statistically sound and economically optimal, a ddRADseq experiment has a preliminary design stage that needs to consider issues related to the selection of enzymes, particular features of the genome of the focal species, possible modifications to the library construction protocol, coverage needed to minimize missing data, and the potential sources of error that may impact upon the coverage. We present DDRADSEQTOOLS, a software package to help ddRADseq experimental design by (i) the generation of in silico double-digested fragments; (ii) the construction of modified ddRADseq libraries using adapters with either one or two indexes and degenerate base regions (DBRs) to quantify PCR duplicates; and (iii) the initial steps of the bioinformatics preprocessing of reads. DDRADSEQTOOLS generates single-end (SE) or paired-end (PE) reads that may bear SNPs and/or indels. The effect of allele dropout and PCR duplicates on coverage is also simulated. The resulting output files can be submitted to pipelines of alignment and variant calling, to allow the fine-tuning of parameters. The software was validated with specific tests for the correct operability of the program. The correspondence between in silico settings and parameters from ddRADseq in vitro experiments was assessed to provide guidelines for the reliable performance of the software. DDRADSEQTOOLS is cost-efficient in terms of execution time, and can be run on computers with standard CPU and RAM configuration.

Palabras clave

allele dropoutcoveragedouble-digested radseqpcr duplicatesAllele dropoutComputational biologyCoverageDnaDna restriction enzymesDouble-digested radseqFormatGeneticsHigh-throughput nucleotide sequencingIn silico simulationLociMarkersPcr duplicatesPopulation genomicsSequenceSnp discoverySoftware

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Molecular Ecology Resources debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2017, se encontraba en la posición 8/160, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Ecology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales de Scopus Elsevier, arroja un valor para la media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.2, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 3.55 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-17, el siguiente número de citas:

  • WoS: 25
  • Scopus: 26
  • Europe PMC: 11
  • Google Scholar: 48

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-17:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 157.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 157 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 13.35.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 10 (Altmetric).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Mora-Marquez, F.) y Último Autor (LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI).