{rfName}
Mu

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

22

Altmetrics

Grant support

This work has been partially supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness through the Cajal Blue Brain (C080020-09; the Spanish partner of the Blue Brain initiative from EPFL) and TIN2016-79684-P projects, by the Regional Government of Madrid through the S2013/ICE-2845-CASI-CAM-CM project, and by Fundacion BBVA grants to Scientific Research Teams in Big Data 2016. This project has received funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under Grant Agreement No. 785907 (HBP SGA2).

Anàlisi d'autories institucional

Varando, GherardoAutor (correspondència)Munoz, AlbertoAutor o coautorKastanauskaite, AstaAutor o coautorBielza, ConchaAutor o coautorLarranaga, PedroAutor o coautor

Compartir

Publicacions
>
Article

MultiMap: A Tool to Automatically Extract and Analyse Spatial Microscopic Data From Large Stacks of Confocal Microscopy Images

Publicat a:Frontiers In Neuroanatomy. 12 (37): 37- - 2018-05-23 12(37), DOI: 10.3389/fnana.2018.00037

Autors: Varando, G; Benavides-Piccione, R; Muñoz, A; Kastanauskaite, A; Bielza, C; Larrañaga, P; DeFelipe, J

Afiliacions

Resum

The development of 3D visualization and reconstruction methods to analyse microscopic structures at different levels of resolutions is of great importance to define brain microorganization and connectivity. MultiMap is a new tool that allows the visualization, 3D segmentation and quantification of fluorescent structures selectively in the neuropil from large stacks of confocal microscopy images. The major contribution of this tool is the posibility to easily navigate and create regions of interest of any shape and size within a large brain area that will be automatically 3D segmented and quantified to determine the density of puncta in the neuropil. As a proof of concept, we focused on the analysis of glutamatergic and GABAergic presynaptic axon terminals in the mouse hippocampal region to demonstrate its use as a tool to provide putative excitatory and inhibitory synaptic maps. The segmentation and quantification method has been validated over expert labeled images of the mouse hippocampus and over two benchmark datasets, obtaining comparable results to the expert detections.

Paraules clau

brain atlasfluorescent imageimagejobject detectionpuncta segmentationsegmentationvgatBrain atlasFluorescent imageImagejNeuroanatomyObject detectionPuncta segmentationReconstructionSegmentationSetsVesicular gaba transporterVgatVglut1

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Frontiers In Neuroanatomy a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2018, es trobava a la posició 2/21, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Anatomy & Morphology. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-06-09:

  • Google Scholar: 9
  • WoS: 5
  • Scopus: 5
  • Europe PMC: 3
  • OpenCitations: 5

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-06-09:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 36.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 36 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 1.25.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 3 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (VARANDO, GHERARDO) i Últim Autor (Defelipe, Javier).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat VARANDO, GHERARDO.