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Grant support

This work has been partially supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness through the Cajal Blue Brain (C080020-09; the Spanish partner of the Blue Brain initiative from EPFL) and TIN2016-79684-P projects, by the Regional Government of Madrid through the S2013/ICE-2845-CASI-CAM-CM project, and by Fundacion BBVA grants to Scientific Research Teams in Big Data 2016. This project has received funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under Grant Agreement No. 785907 (HBP SGA2).

Análisis de autorías institucional

Varando, GherardoAutor (correspondencia)Munoz, AlbertoAutor o CoautorKastanauskaite, AstaAutor o CoautorBielza, ConchaAutor o CoautorLarranaga, PedroAutor o Coautor

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Artículo

MultiMap: A Tool to Automatically Extract and Analyse Spatial Microscopic Data From Large Stacks of Confocal Microscopy Images

Publicado en:Frontiers In Neuroanatomy. 12 (37): 37- - 2018-05-23 12(37), DOI: 10.3389/fnana.2018.00037

Autores: Varando, G; Benavides-Piccione, R; Muñoz, A; Kastanauskaite, A; Bielza, C; Larrañaga, P; DeFelipe, J

Afiliaciones

Resumen

The development of 3D visualization and reconstruction methods to analyse microscopic structures at different levels of resolutions is of great importance to define brain microorganization and connectivity. MultiMap is a new tool that allows the visualization, 3D segmentation and quantification of fluorescent structures selectively in the neuropil from large stacks of confocal microscopy images. The major contribution of this tool is the posibility to easily navigate and create regions of interest of any shape and size within a large brain area that will be automatically 3D segmented and quantified to determine the density of puncta in the neuropil. As a proof of concept, we focused on the analysis of glutamatergic and GABAergic presynaptic axon terminals in the mouse hippocampal region to demonstrate its use as a tool to provide putative excitatory and inhibitory synaptic maps. The segmentation and quantification method has been validated over expert labeled images of the mouse hippocampus and over two benchmark datasets, obtaining comparable results to the expert detections.

Palabras clave

brain atlasfluorescent imageimagejobject detectionpuncta segmentationsegmentationvgatBrain atlasFluorescent imageImagejNeuroanatomyObject detectionPuncta segmentationReconstructionSegmentationSetsVesicular gaba transporterVgatVglut1

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers In Neuroanatomy debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2018, se encontraba en la posición 2/21, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Anatomy & Morphology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

2025-06-09:

  • Google Scholar: 9
  • WoS: 5
  • Scopus: 5
  • Europe PMC: 3
  • OpenCitations: 5

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-09:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 36.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 36 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 1.25.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 3 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (VARANDO, GHERARDO) y Último Autor (Defelipe, Javier).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido VARANDO, GHERARDO.